TEMA: Desenvolvimento de sistemas escaláveis para pesquisa genômica em ambientes de computação de alto desempenho

Candidato: Wélliton de Souza

Orientadora: Iscia Teresinha Lopes Cendes

Data e Horário: 26/10/2020, 13:30 hrs.

Local: Integralmente à distância no link https://meet.google.com/dpn-qybc-qhe

Resumo

Tecnologias de sequenciamento de alto rendimento e a demanda crescente por análise de conjuntos de dados genômicos em larga escala criaram desafios computacionais e de reprodutibilidade. O grande volume de dados exige sistemas otimizados para execução em ambientes de alto desempenho e eficientes, ao mesmo tempo em que os projetos de pesquisa expandem e novos recursos computacionais são adquiridos. Nesse contexto os protocolos de processamento tornaram-se mais complexos conforme técnicas de sequenciamento foram desenvolvidas para outras áreas além da genômica, como transcriptômica e epigenômica. Esses protocolos são compostos de dezenas de tarefas que devem ser executadas em um fluxo de trabalho que pode ter ramificações e técnicas de paralelismo dificultando a publicação de pesquisas completamente reprodutíveis, requisito cada vez mais presente na literatura. A reprodutibilidade também tem um papel importante em estudos de integração de diferentes ômicas. Dessa forma, este trabalho apresenta ferramentas computacionais que, quando combinadas a outros sistemas e padrões desenvolvidos pela comunidade, criam um ecossistema para análise de dados de sequenciamento de larga escala, reprodutível e suportado em ambientes computacionais heterogêneos. O ecossistema foi utilizado para analisar milhares de amostras de sequenciamento e possibilitou a execução de estudos em genômica, transcriptômica e epigenômica.

Banca avaliadora

Titulares

• Iscia Teresinha Lopes Cendes – Presidente
• Andre Schwambach Vieira
• Diogo Fernando Troggian Veiga- Universidade Federal de Santa Catarina
• Wilson Araújo da Silva Júnior- Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo
• Monica Barbosa De Melo

Suplentes

• Edi Lucia Sartorato
• Katlin Brauer Massirer
• Marcelo Ribeiro da Silva Briones